Снять гражданина с учета только на основании того, что он длительное время не проходит перерегистрацию, нельзя.
Однако снятие возможно, если будет установлено, что гражданин фактически выбыл на постоянное место жительства в другое муниципальное образование.

Обоснование:

Согласно ч. 1 ст. 56 Жилищного кодекса РФ, граждане снимаются с учета в качестве нуждающихся в жилых помещениях в строго определенных случаях, в частности:
— при подаче заявления о снятии с учета;
— при утрате оснований для получения жилья;
— при выезде на постоянное место жительства в другое муниципальное образование;
— при получении бюджетных средств на приобретение или строительство жилья;
— при предоставлении земельного участка под строительство;
— при выявлении недостоверных сведений в представленных документах.

Действующее законодательство не предусматривает снятие с учета по причине непрохождения перерегистрации, в том числе при непредставлении сведений о составе семьи, месте жительства или уровне дохода.

Вместе с тем, если в ходе проверки (например, при опросе соседей или направлении межведомственных запросов в органы внутренних дел) будет установлено, что гражданин фактически длительное время не проживает по заявленному адресу и выбыл в другое муниципальное образование, его можно снять с учета на основании п. 3 ч. 1 ст. 56 ЖК РФ.

Ответ подготовлен экспертами службы правового консалтинга компании "СоветникПРОФ".